Godzilla: Thành Phố Chiến sẽ nối tiếp những gì dừng lại ở tập đầu. Sau thất bại của Haruo và nhóm đồng đội của anh trong nhiệm vụ sử dụng các đầu khoan EMP vào lưng Godzilla, anh được giải cứu bởi Miana, một cô gái bản xứ thuộc bộ lạc “Futua”, các hậu duệ của nhân loại bị bỏ lại trên trái đất trong cuộc di tản cuối thế kỉ 20.

Trong khi đó, Galu Gu, thủ lĩnh của lực lượng Bilusaludo, nhận ra rằng đầu mũi tên của Futua được tạo thành từ “nanomet”, cùng loại vật liệu được sử dụng để chế tạo Mechagodzilla, một siêu quái vật được hai chủng loài ngoài hành tinh Exif và Bilusaludo gửi tới Trái Đất nhằm kiềm chế cơn thịnh nộ của Godzilla tuy nhiên nó thất bại và được cho là bị phá hủy trong trận chiến dưới chân núi Phú Sỹ.