Nội dung “Em của thời niên thiếu” khai thác những khía cạnh đen tối của học đường, đó là vấn nạn bạo lực học đường. Phim là câu chuyện về hai mảnh đời cô độc nương tựa vào nhau trong một xã hội tàn nhẫn. Nếu như Trần Niệm là cô gái trầm tĩnh, mắc tật nói lắp, học giỏi, ngoan hiền, thì Bắc Dã lại là cậu học sinh hư hỏng, lầm lì, có mẹ là gái điếm và bố là tội phạm. Cả hai gặp nhau khi Bắc Dã bị vây đánh, và Trần Niệm muốn cứu cậu. Từ đó, hai người dần gắn bó và nảy sinh tình cảm với nhau. Bắc Dã âm thầm bảo vệ Trần Niệm, sẵn sàng hi sinh tương lai vì cô, còn Trần Niệm cũng vô thức mà dựa dẫm vào cậu.