Godzila: Chúa Tể Quái Vật tập trung vào cuộc đụng độ các thành viên tổ chức Monarch với những quái thú khổng lồ – Rodan, Mothra, và King Ghidorah. Khi những quái vật huyền thoại trỗi dậy, chúng sẽ tranh giành quyền lực tối cao để thống trị thế giới. Do vậy, loài người sẽ phải đấu tranh để đem lại sự cân bằng trước những hiểm họa diệt vong đó.