Bối cảnh của bộ phim là 2 năm sau Đại Chiến Thế Giới Shinobi lần thứ 4 kết thúc, mặt trăng bắt đầu xịch gần về phía Trái đất. Mặt trăng lúc này như một thiên thạch khổng lồ, nó có thể sẽ phá hủy tất cả mọi thứ, một đồng hồ đếm ngược đến ngày tận thế được thiết lập, Naruto phải đối phó với mối đe dọa này. Trong khi đó, Toneri Otsutsuki, một hậu duệ của Hamura Otsutsuki đã xuất hiện và bắt cóc Hanabi Hyuga – em gái của Hinata, sau khi thất bại trong việc bắt cóc Hinata.