Shin Cậu Bé Bút Chì: Đại chiến Siêu Năng Lực xoay quanh cuộc sống hàng ngày của Shin – một cậu nhóc nghịch ngợm, hiếu động và luôn nghĩ ra những trò tinh quái để trêu chọc mọi người. Trong Crayon Shin chan movie 31 thì nội dung sẽ xoay quanh việc Shin có được siêu năng lực từ luồng ánh sáng bí ẩn ngoài vũ trụ chiếu vào.